Der argentinische Superstar erzielte seine 25. und 26. Tore der Saison und überholte damit Denis Bouanga von Los Angeles FC im Rennen um den Goldenen Schuh, nachdem er den Tag mit dem gabunischen Nationalspieler mit jeweils 24 Toren begonnen hatte.
Miami, bereits für einen Platz in den MLS Cup-Playoffs qualifiziert, setzte ihren Vorstoß für eine bessere Playoff-Position fort.
Sie zogen mit Cincinnati in der Eastern Conference auf 62 Punkte gleich, vier Punkte hinter den Führern Philadelphia, die den Supporters Shield als das Team mit der besten regulären Saisonbilanz in der Liga gewonnen haben.
Messis Treffer in der 39. Minute zur Führung war eine Schönheit.
Baltasar Rodriguez raubte einem Verteidiger von Atlanta den Ball und fand Messi knapp außerhalb des Strafraums. Messi schritt voran und krümmte einen linken Schuss um Pedro Amador herum und außerhalb der Reichweite des Torwarts von Atlanta, Jayden Hibbert, in die obere linke Ecke des Netzes.
Hibbert hatte Messi in der 13. Minute abgewehrt, als der achtmalige Ballon d’Or-Gewinner bei einer Reihe von frühen Versuchen leer ausging.
Messi war entscheidend an dem Tor von Jordi Alba beteiligt, das Miamis Führung in der 52. Minute verdoppelte, indem er einen Ball nach vorne zu dem Spanier schickte, der einen linken Schuss über Hibbert in die untere rechte Ecke des Netzes hob.
Albas sechstes Tor der Saison fiel an dem Tag, an dem Inter dem ehemaligen Star aus Spanien und Barcelona Tribut zahlte, der diese Woche angekündigt hatte, dass er am Ende der MLS-Saison in den Ruhestand treten würde.
Uruguays Luis Suarez erhöhte in der 61. Minute auf 3-0 und Messi erzielte sein zweites Tor in der 87. Minute, als er einen Schuss mit links aus der Mitte des Strafraums abgab, nachdem Alba ihm mit einem langen Steilpass den Ball zugespielt hatte.
Da die MLS während des FIFA-Internationalen Fensters spielte, blieb Messis Einsatz für das Spiel von Inter bis kurz vor dem Anpfiff ein Geheimnis, als Trainer Javier Mascherano seine Aufstellung bekannt gab.
Messi und Rodrigo De Paul hatten diese Woche mit Argentinien in Florida trainiert, obwohl Messi als Zuschauer dabei war, als Argentinien am Freitag in einem Freundschaftsspiel im Hard Rock Stadium Venezuela mit 1-0 besiegte.
De Paul kam als späte Einwechslung gegen Venezuela und war für Inter nicht verfügbar, da sechs Spieler für Länderspiele in diesem Fenster abgestellt wurden, bei denen auch Argentinien am Montag gegen Puerto Rico spielen wird, ein Spiel, das von Chicago ins Chase Stadium von Inter in Fort Lauderdale verlegt wurde.
Das Spiel am Samstag war das letzte reguläre Heimspiel von Inter in dieser Saison, da sie sich auf den Umzug in ihr neues Miami Freedom Park in der nächsten Saison vorbereiten.
In Orlando erzielte der ehemalige deutsche und Bayern München Star Thomas Müller kurz vor Ende der Nachspielzeit das Siegtor, um die Vancouver Whitecaps mit 2:1 gegen Orlando City SC in Führung und an die Spitze der Western Conference-Tabelle zu bringen.
Mit 63 Punkten zog Vancouver um drei Punkte an San Diego vorbei, während Müller seine beeindruckende Torserie fortsetzte, seit er in die MLS gewechselt ist.
Der 36-Jährige hat in allen Wettbewerben für die Whitecaps sieben Mal in acht Spielen getroffen.
Müller besiegelte den Sieg mit einem Fernschuss, der am Torwart von Orlando Pedro Gallese vorbei ins rechte Eck rutschte.
Nelson Pierre hatte Vancouver in der 81. Minute ausgeglichen, nachdem Dagur Thorhallsson Orlando in der 24. Minute in Führung gebracht hatte.
