Der argentinische Superstar brachte Miami in der 26. Minute mit einem typischen gekrümmten Linksschuss in die weite Ecke mit 2-1 in Führung.
Nach einer zurückhaltenden Feier mit seinen Teamkollegen, bei der er sich ein kurzes Lächeln gönnte, zeigte der Kapitän von Miami seine Hände in Richtung Himmel über Philadelphia.
Messi spielte eine entscheidende Rolle beim ersten Tor von Miami nur fünf Minuten zuvor, als er einen Lauf entlang des linken Flügels von dem uruguayischen Stürmer Luis Suarez aufnahm, der den Ball quer legte für einen Abschluss aus nächster Nähe durch den jungen Amerikaner Daniel Pinter.
Die Gastgeber sicherten sich dank Toren von Indiana Vassilev in der 11. Minute und Neil Pierre in der 58. Minute einen Punkt.
Messi, 39, stieg mit 13 Toren auf den zweiten Platz in der MLS-Torschützenliste, nur noch einen Treffer hinter dem kroatischen Stürmer Petar Musa von FC Dallas.
Miami’s Talisman hatte es nicht geschafft, in den beiden Spielen zu treffen, die er seit seiner Rückkehr aus Argentinien nach dem Tod seines Vaters, Jorge, am 8. August gespielt hatte.
In diesen beiden Spielen verlor Miami mit 3-2 gegen die mexikanische Seite Leon und schied aus dem Leagues Cup aus, bevor sie eine 4-1-Niederlage in der MLS gegen Nashville hinnehmen mussten, in der Messi einen Elfmeter verschoss.
Miami hat nun vier Spiele in Folge ohne Sieg gespielt und liegt sieben Punkte hinter dem Spitzenreiter der Eastern Conference, Nashville.
Am Mittwoch haben sie die New York Red Bulls mit 1-0 besiegt.
